La historia nos viene a testimoniar que la devoción haciala Virgen de los Clarines se encontraba bastante extendida por el antiguo Condado de Niebla en fechas tempranas, finales del siglo XIV. La primera fecha documentada que se conoce sobre la devoción a la Virgen de los Clarines es la del año 1397, cuando el conde de Niebla, Juan Alonso de Guzmán, deja en su testamento una donación para el santuario de Clarines, es esta una prueba de que la devoción a la Virgen bajo esta advocación ya se encontraba consolidada en las tierras del Condado de Niebla para finales del siglo XIV. La fama dela Virgen era tal que, en las epidemias de peste o periodos de sequía que sufría la comarca, la imagen era trasladada en rogativas hasta la villa de Niebla, capital del Condado, para pedir su protección o intercesión, hecho que provocaba no pocas fricciones con los vecinos de Beas. 

 

            Esos mismos testimonios indican que la devoción a Clarines se vinculó bien pronto al mundo de la mar y la carrera de Indias. Apenas medio siglo después de iniciarse la conquista de América por los europeos ya se tienen noticias a este respecto. Así, en 1550, aparecen en el primer inventario conocido del santuario, la existencia de dos frontales de altar llegados desde las tierras americanas. En otros casos, se observa como muchos emigrantes de la comarca del Condado de Niebla dejan bienes y peticiones de misas para sus almas en el santuario de Clarines. Podemos citar algunos ejemplos: en 1585, Antón Martín, natural de Moguer, que fallece enla Nueva España , deja establecida la petición de misas a celebrar en el santuario de Clarines; en 1596, Diego Serrano, natural de Niebla, también deja en testamento dinero para una lámpara de plata para el santuario de Clarines; en 1613, Alonso Esteban Picón, natural de Gibraleón, fallecido en Lima, deja dineros para Clarines; en 1660, aparece, en un inventario del santuario, un tabernáculo donado por Juan Franco, residente en Indias y que había sido vecino de Beas… Incluso una nao, que hacia 1577 partió para San Juan de Ulúa, llevaba el nombre de Ntra. Sra. de los Clarines. 

 

            Quizás el acontecimiento más destacado de todo esto que venimos hablando sea el de la fundación de la ciudad de Ntra. Sra. de los Clarines en tierras de la actual Venezuela el día 7 de abril de 1594. Aquella nueva población en tierras americanas fue erigida por Francisco de Vides, natural de Trigueros, el cual había sido nombrado Gobernador dela Nueva Andalucía por Felipe II, firmando capitulación en 1592, por la cual se comprometía a organizar una expedición colonizadora de aquellas tierras. 

 

            La vinculación del santuario de Clarines con el mundo de la mar ha quedado demostrada en otras muchas ocasiones con posterioridad. En 1764, el párroco de Beas, Francisco José de Heredia, afirma que “la Señora es muy amante de favorecer a los navegantes”, indicando que en su santuario, junto a otros exvotos, se encontraban “costillas de ballenas, huesos de varios pescados grandes y muchos aparejos de navíos”. Precisamente, en el primer grabado conocido dela Virgen , posiblemente de fechas cercanas a la anteriormente citada, se alude a Ella como “abogada de los navegantes”. La sabiduría y tradición popular también cuentan que cierta ermitaña del lugar solía observar como algunas veces la ermita aparecía con brumas o nieblas, coincidiendo estos sucesos con la visita de algún navegante. 

 

            Gracias a la notable fama de la imagen, el santuario contó con recursos suficientes para su sustento. El patrimonio rústico que la ermita llegó a administrar se situaba en 1836, momento de su desamortización en casi 30 hectáreas, repartidas por distintas áreas de la geografía comarcal. Gozaba igualmente de un rico patrimonio artístico, compuesto por frontales de altar, piezas de orfebrería, alhajas y ajuares dela Virgen , lamentablemente hoy desaparecidos.

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